自然指数（Nature Index）于2014年11月首次发布，是依托于全球顶级期刊，统计各高校、科研院所（国家）在国际上最具影响力的研究型学术期刊上发表论文数量的数据库。自然指数是评价各高校及其它学术机构科研能力的客观量化标准之一，是衡量各单位顶尖学术产出的重要指标，在全球范围内有较大影响力。该指数包含《自然（NATURE）》系列、《科学（SCIENCE）》、《细胞（CELL）》等145种期刊，按照学科分类，具体包括生物科学41种期刊、化学20种期刊、地球与环境科学16种期刊、健康科学70种以及物理学24种期刊。

自然指数有两个重要指标，一是Count（以下称为“论文数”），是指每篇文章只要有一位作者来自某个国家/地区或机构，其所属的国家/地区或机构即获得1分。二是Share（以下称为“贡献份额”），是自然指数的标志性指标，为统计一个机构或国家/地区对某篇论文的贡献，并确保不会重复计算，自然指数使用此指标。由于自然指数每篇论文总分值为1，对于隶属于多个机构的作者，其贡献份额需在各机构间平均分配。